微生物测序

微生物组(Microbiome)是指一个特定情形或生态系统中所有微生物及其遗传信息的荟萃,?蕴藏着极为富厚的微生物资源。周全系统地剖析微生物组的结构和功效,?将为解决人类面临的能源、生态情形、工农业生产和人体康健等重大问题带来新思绪

细菌完成图(三代测序)

基因组是阐释生命征象和展现生命纪律的主要手段,三代PacBio HiFi测序模式可发生既兼顾长读长,又具有高精度的测序效果,HJC黄金城基因HiFi细菌完成图测序,即使用PacBio HiFi测序模式对细菌物种举行基因组de novo组装,从而获得gai细菌种完整基因组序列,gai手艺大大提升了细菌基因组组装的完整性和准确性,可真正实现细菌0 gap组装。

真菌细腻图(三代测序)

三代真菌细腻图,即接纳PacBio测序平台,使用高深度三代数据举行真菌基因组de novo组装,获得真菌基因组序列信息的一种手艺手段。真菌基因组一ban在10M-150M,有多核和杂合等征象,使用三代测序手艺的优势破译真菌基因组,能战胜二代测序对高GC、高重复、高杂合位置检出禁绝确的征象,获得越发完整和匀称的基因组,团结HiC辅助组装手艺可获得染色体水平全基因组序列图谱,此外,测序同时还可获得甲基化修饰位点信息。

全长16s(三代测序)

通例二代16S仅针对单个可变区或者一连两到三个可变区举行测序,而基于PacBio HiFi测序的全长16S(V1-V9)可获取微生物16S的全长序列,突破了二代测序读长较短的局限性,能够更好的实现微生物在种水平上的分类, 可获得物种分类、品貌、种群结构等越发深入和周全的信息。基于PacBio HiFi测序手艺的全长16s测序为微生物多样性研究提供了强有力的手艺手段。

宏基因组(二代测序)

二代宏基因组测序手艺是依托二代测序平台以特定情形中的整个微生物群落作为研究的工具,不需要对微生物举行疏散作育,提取情形微生物总DNA举行研究,举行微生物群体的物种分类、重大度剖析、群落结构、功效注释、样品间的物种或基因差异及物种间的代谢网络研究。与传统微生物研究要领相比,宏基因组测序手艺规避了绝大部门微生物不能作育、痕量菌无法检测的弱点。

应用偏向
  • 精准医疗:探讨肠道、皮肤、阴道等菌群情形对疾病的影响,寻找与代谢类疾病、消化类疾病、自shen免疫性疾病等相关的biomarker及与癌症相关的治疗靶点;
  • 药物代谢:探讨功效食物、中药的体内代谢及药效机制;
  • 传统发酵生产:关jian风味物质溯源及控制发酵微生物菌种优化改良,及特殊功效菌株、基因挖掘、工程菌开发等;
  • 畜牧渔养殖:研究肠道、瘤胃等微生物与动物滋生、生长发育、营养康健、免疫和疾病治疗等的互作关系、对情形的响应及对生产的影响;
  • 大农业:研究根系微生物对植物生长、抗逆的影响,指导莳植方式;
  • 情形领域:研究特定情形下微生物研究,解决有机肥发酵处置赏罚、污水治理、石油降解、水体及海洋情形等情形相关问题;
产物优势
大规模的测序平台

18台Illumina测序平台+26台PacBio测序平台,通量高、周期快、产出稳固

稳固的数据产出

HiFi数据产出稳固,全长16S可允许产出5万条CCS(平均,最低4万)

极具竞争力的价位和周期

极具竞争力的价钱与周期,允许全长16s项目签建库测序免费赠予所有门析

多样化的剖析内容

剖析内容周全,知足多种剖析需求,产物数据库定期升级

知心的服务流程

从实验设计、生信剖析到售后问题的周全解答,保证高质量的效果交付

案例剖析

基于HiFi reads的分类分辨率。(A) HiFi和NGS读数具有(已知)/不具有(未知)分类信息的百分比。(B和C)基于19个全长18S-OTUs (B)和207个全长16S-OTUs (C)的系统进化树

使用HiFi宏基因组测序手艺刷新西藏盐湖沉积物中宏基因组组装和病毒组装

 

gai文通过应用长读长测序手艺和短读长测序手艺对青藏高原盐湖沉积物样品举行测序,评估了差异组装战略在宏基因组组装和病毒组装中的性能。28.9% 的 NGS 读取可以分配到已知的分类品级,而HiFi数据的读取分配率为90.8%,约莫是NGS的三倍。HiFi reads的物种级别分配率为67.19%,而短读长的响应比率仅为5.59%,说明HiFi reads在分类方面的强盛能力。总共判断出17个最小相对品貌大于0.1%的门,大大凌驾了NGS手艺的检索性能。这为重大情形样品的物种组成研究,特殊是对真核微生物的相识提供了便利。

参考文献:Tao Y, Xun F, Zhao C, Mao Z, et al. Improved Assembly of Metagenome-Assembled Genomes and Viruses in Tibetan Saline Lake Sediment by HiFi Metagenomic Sequencing. Microbiol Spectr. 2023 Feb 14;11(1):e0332822. 

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