转录组测序

      通过对某一物种特定组织器官在某一状态下发生的RNA举行高通量测序,来剖析特定生物学状态下的基因表达调控机制。普遍应用于疾病机理研究、药物开发、情形响应等领域,资助解决基因表达差异、功效基因判断等问题。

      真核转录组(有参/无参)

      真核有参转录组测序(RNA-seq)指接纳二代测序平台,对某一物种特定组织器官在某一状态下转录的所有mRNA举行测序,既可以提供定量剖析,检测基因表达水平差异,又可以提供结构剖析,发现未知转录本和有数转录本,识别可变剪切位点、融合基因、SNP以及Indel位点等。

      表达谱测序(有参)

      表达谱测序指接纳二代测序平台,对某一物种特定组织器官在某一状态下转录的所有mRNA举行测序,研究基因的表达差异并判断差异基因功效。

      LncRNA测序

      长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度凌驾200 nt、不编码卵白质的RNA分子,在生物体内普遍存在。lncRNA测序指接纳去rRNA链特异性要领举行建库并举行二代测序,从而快速周全地识别并剖析具有关jian调控作用的lncRNA,探讨它们在种种生物学历程中的潜在角色。

      small RNA测序

      small RNA(sRNA)是一类长度通常在18~30 nt的小型非编码RNA分子,在生物体内起着至关主要的调控作用。small RNA测序是指通过小片断富集筛选建库和二代测序平台对small RNA举行的高通量测序,高效识别和定量样本中的small RNA种类和表达水平,进而剖析它们在细胞心理和病理历程中的功效和调控机制。

      全转录组测序

      全转录组测序指对特定组织器官在某一状态下发生的所有RNA举行高通量测序,包罗mRNA、lncRNA、small RNA和circRNA。通过构建lncRNA文库和small RNA文库测序,实现4种RNA的单独剖析和ceRNA团结剖析,通过种种RNA的深层ci剖析,挖掘种种RNA在基因表达中的重大调控网络,有助于周全解读生物学调控征象。

      全长转录组(有参/无参)

      全长转录组测序(Iso-seq)指使用三代长读长测序平台,无需打断和拼接,直接获取包罗5’UTR,3’UTR及Poly A尾的完整转录本,战胜无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题,实现有参考基因组物种可变剪切及融合基因等结构变异研究。

      应用偏向

      【医学领域】

      • 胚胎发育调控:通太过析差异发育阶段的胚胎样本,展现基因表达模式的时空转变,相识胚胎发育历程中的关jian调控事务;
      • 疾病生物标志物发现:通过较量康健人群与患者之间的转录组差异,识别潜在的疾病相关基因和非编码RNA,为疾病的早期诊断和预后评估提供分子标志物;
      • 疾病发生气制:剖析疾病历程中基因表达的动态转变,展现疾病发生的分子途径和调控网络,深入明确疾病的发生生长机制;
      • 免疫应答机制:研究机体在熏染、疫苗接种等qing况下的免疫应答历程,展现免疫细胞的激活、分化和效应机制,为疫苗设计和免疫治疗提供理论基。

       

      【农学领域】

      • 生长发育调控:探讨差异生长阶段的基因表达模式,识别调控生长发育的关jian基因和信号通路;
      • 情形顺应性:探讨在差异情形胁迫(如干旱、盐碱、低温等)下的基因表达转变,剖析情形顺应性和抗逆性的分子机理;
      • 病虫害抗性机制:剖析植物在遭受病原菌侵染或害虫攻击时的转录组动态,判断抗病虫害的关jian基因及其调控网络,为培育抗病虫害新品种提供理论依据;
      • 品质性状形成和改良:研究影响作物产量、品质等主要性状的基因表达调控网络,为作物遗传改良提供分子依据;
      产物优势
      大规模的测序平台

      18台Illumina测序平台+26台PacBio测序平台,通量高、周期快、产出稳固

      稳固的生产流程

      二代自动化提取和建库,样品提取及格率高,自动化建库稳固性强

      多样化的剖析内容

      尺度剖析、多组学团结剖析、定制化剖析等

      免费的云剖析平台

      云剖析平台免费使用,知足多样化剖析需求

      富厚的项目履历

      累计完成100+ 物种的转录组测序剖析,为项目执行提供保障

      知心的服务流程

      从实验设计、生信剖析到售后问题的周全解答,保证高质量的效果交付

      案例剖析

      尺度品(上)和九种肿瘤样本(下)的融合转录组检出qing况

      Iso-Seq展现长读长测序在癌症融合基因检测中的优势

       

      基因融合是多种成人和儿科癌症的癌症驱动因素。全长转录组测序在检测融合基因方面具有奇异的优势,这对于癌症研究尤为主要。研究选取含16种融合转录本的尺度品和9种癌细胞系(三种乳腺癌、前线腺癌、慢性骨髓性白血病、两种细胞淋巴瘤、小细胞肺癌、和尿路上皮膀胱癌)样本,划分举行PacBio 串联全长转录组和Illumina二代转录组。在尺度品的检测中,16个融合转录本在PacBio串联Iso-Seq 的三个重复中均被检测到,但在基于 Illumina 测序的三ci重复中,并非所有融合转录本都被检测到。在九种真实肿瘤样本的检测中,使用PacBio 串联Iso-Seq手艺对每个细胞系举行检测,通过至少两种长读长融合转录本检测工具,共判断出133个融合转录本。相比之下,使用Illumina 手艺只能识别到这些133个融合转录本中的79个。gai研究凸显了长读长测序手艺在捕捉重大融合事务方面的显著优势。

      参考文献:Qin Q, Popic V, Yu H, et al. CTAT-LR-fusion: accurate fusion transcript identification from long and short read isoform sequencing at bulk or single cell resolution. bioRxiv, 2024. 



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